Introducción. La leucemia mieloide aguda representa alrededor del 20 % de las leucemias en menores de 18 años. Actualmente, solo existen dos alternativas de tratamiento de consolidación: la quimioterapia y el trasplante con progenitores hematopoyéticos. Objetivo. Evaluar el costo-efectividad del trasplante alogénico con progenitores hematopoyéticos de donantes emparentados o no emparentados, en comparación con la quimioterapia de consolidación en niños de alto riesgo con leucemia mieloide aguda. Materiales y métodos. Se construyó un árbol de decisiones utilizando los años de vida ganados como resultado. Los costos y probabilidades se extrajeron de estudios y reportes que se encuentran en la literatura científica. El umbral de costo-efectividad fue tres veces el producto interno bruto per cápita de 2010. Se hicieron análisis de sensibilidad univariados y probabilísticos, así como una curva de aceptabilidad. Resultados. Al comparar el trasplante de donante emparentado o no emparentado con los ciclos de quimioterapia, se obtuvieron tasas de costo-efectividad incremental de COP$ 9’226.421 (USD$ 4.820) y COP$ 6’544.116 (USD$ 3.419), respectivamente, cifras estas inferiores al producto interno bruto per cápita: COP$ 12’047.418 (USD$ 6.294). El trasplante resultó ser costo-efectivo en 70 % de las simulaciones y con mayor probabilidad de serlo cuando había disposición a pagar cantidades superiores a COP$ 7’200.000 (USD$ 3.762). Conclusión. El trasplante alogénico (emparentado o no) en Colombia resultó ser costo-efectivo frente al tratamiento de consolidación en niños de alto riesgo con leucemia mieloide aguda.