El presente estudio constituye el primer reporte que describe las características morfológicas y morfométricas de Elleanthus capitatus, Epidendrum frutex y Odontoglossum hallii, tres especies nativas del Ecuador. Se encontró que las especies Epidendrum frutex y Odontoglossum hallii son estadísticamente diferentes a Elleanthus capitatus en relación a la longitud y número de semillas por miligramo, ésta última resultó ser más pequeña. Los rangos de longitud encontrados variaron entre 0,231 mm (Elleanthus capitatus) hasta 0,702 mm (Odontoglossum hallii), mientras que el promedio del número de semillas por miligramo varió entre 702 (Epidendrum frutex) a 982 (Elleanthus capitatus) semillas/mg. Sin embargo, el diámetro de la semilla no presentó diferencia significativa entre especies, con un rango promedio de 0,06 a 0,08 mm. Además, se evalúo el color observado en las semillas, teniendo en cuenta el modelo de color RVA para su reporte. Las descripciones de las características de las semillas son de vital importancia con el fin de elucidar las relaciones taxonómicas, geográficas, filogenéticas y de conservación para la gran diversidad de orquídeas.