旨在系统比较初产母猪囊肿卵巢与发情卵巢的转录组水平表达的变化,探索母猪卵巢囊肿发生的遗传机制.以初产母猪的囊肿卵巢和发情卵巢为研究对像,用Illumina NovaSeq 6000测序系统进行转录组测序及生物信息学分析.结果表明,构建的6个cDNA文库中共得到46.68 Gb原始序列(Raw reads),质控处理后获得42.02 Gb纯净序列(Clean reads),各样品的Clean reads大小均达到6.74 Gb以上,与参考基因组(Sus scrofa 11.1)的比对率为97.33%~97.79%.与发情卵巢相比,从囊肿卵巢中共筛选到335个差异表达基因,其中上调表达的基因有121个,下调表达的基因有214个.另外,有4559个新转录本被发掘,与发情卵巢相比,有53个新转录本在相对表达量上存在显著差异,其中上调表达的有18个,下调表达的有35个.GO及KEGG通路分析结果显示,差异表达基因在多个与发生卵巢囊肿相关的通路中富集,如胆固醇代谢通路、Ⅰ型糖尿病通路、Ⅱ型糖尿病通路、糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路等.利用CytoHubba插件从差异表达基因的蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络中筛选到10个核心节点基因,这些基因主要参与癌症通路、细胞凋亡通路、趋化因子活性通路、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路,并在肿瘤发生、多囊卵巢综合征(PCOS)并发症、卵泡闭锁、卵巢老化等方面发挥作用.通路及核心基因的功能分析结果表明,糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、CXCL12基因与卵巢囊肿高度相关,机体炎症和胰岛素功能异常可能是导致初产母猪卵巢囊肿病变的主要因素.研究结果可为揭示母猪卵巢囊肿的分子遗传机制提供重要理论依据,同时可为解析人类卵巢囊肿的遗传机制提供参考.