Twenty polymorphic microsatellite markers were developed for the Neotropical fish Leporinus obtusidens using a next generation sequencing approach and tested in two other characifomes species, Schizodon platae and Prochilodus lineatus. Microsatellite loci alleles in L. obtusidens ranged between 2 and 20 alleles per locus (mean = 5·7), with expected heterozygosity values ranging from 0·097 to 0·956 (mean = 0·578) and observed heterozygosity values ranging from 0·000 to 0·800 (mean = 0·400) in a sample of 20 specimens from the lower Paraná River (Argentina). Most of these markers will be a valuable tool for captive breeding and stocking programmes, as well as for analyses of population connectivity and genetic structure in this broadly distributed Neotropical migratory fish. Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Cs.bioquimicas y Farmaceuticas. Departamento de Cs.biologicas. Area Biologia; Argentina Fil: Vera, Manuel. Universidad de Santiago de Compostela; España. Universidad de Girona; España Fil: Díaz, Juan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina Fil: Martinez, Paulino. Universidad de Santiago de Compostela; España Fil: Calcaterra, Nora Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Cs.bioquimicas y Farmaceuticas. Departamento de Cs.biologicas. Area Biologia; Argentina Fil: Arranz, Silvia Eda. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Rosario. Instituto de Biología Molecular y Celular de Rosario; Argentina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Cs.bioquimicas y Farmaceuticas. Departamento de Cs.biologicas. Area Biologia; Argentina