Escherichia coli est une bactérie Gram-négative commensale du microbiote intestinal humain mais elle peut également être un redoutable pathogène. Les oxydants, aussi appelés dérivés réactifs de l’oxygène, et plus spécifiquement le peroxyde d’hydrogène (H2O2), possèdent un rôle cliniquement relevant sur la pathogenèse bactérienne. Au moins deux mécanismes de défense emploient du H2O2 pour prévenir les infections bactériennes. Premièrement, la production de H2O2 par des espèces de Lactobacillus appartenant à la flore normale du vagin, de l’intestin et du tractus urinaire prévient la colonisation de ces sites par des pathogènes. Deuxièmement, du H2O2 est produit pendant l’explosion oxydative des phagocytes, une étape clé dans la destruction des microbes par le système immunitaire inné. Le but de ce projet de thèse est d’étudier l’effet du H2O2 sur E. coli en utilisant des méthodes de séquençage de nouvelle génération pour identifier: i) les changements de l’expression génique induites par le H2O2 ainsi que ii) les gènes impliqués dans la tolérance bactérienne au H2O2 et iii) d'analyser la sensibilité de différents isolats cliniques d'E. coli envers différentes sources de stress oxydatif.