CRISPR/Cas9 ile indüklenen mutasyonlar nokta mutasyonundan büyük ekleme/delesyonlara kadar değişiklik göstermektedir. CRISPR/Cas9 sistemini gen susturma amacıyla uyguladıktan sonra, oluşan mutasyon türünü tespit etmekzordur; çünkü çift iplik kırıklarının oluşumundan sonra, onarım sistemi lezyonları kurtarmak için bir kalıp kullanmaz ve rastgele mutasyonlar meydana getirir. Temel olarak, mevcut yöntemler, yanlış eşleşmeler için afiniteye sahip olan MutS proteinine, T7 Endonükleaz Kesim Analizi'ne ya da Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi'ne dayanmaktadır. Bu tezin amacı, CRISPR/Cas9-indüklenmiş mutasyonlar için mevcut mutasyon tarama yöntemlerini karşılaştırmak ve/veya optimize etmek ve mutasyon taraması için yeni bir yöntem test etmektir. BMAL1 knockout MCF10A hücre hattı genomik DNA'sı ve kodladığı Drosphila Kriptokrom dizisinde nokta mutasyonu içeren bir plazmit DNA'sı onların yabanıl karşılıklarıyla birlikte mutasyon tespit analizi için kullanılmıştır. Cas9 proteini, hücrelerde genom mühendisliği uygulamalarında Cas9'un kontrollü kullanımı için bir platform sağlayan bölünmüş bir enzim olarak yeniden yapılandırılabilir. Bu çalışmada, CRISPR-Cas9 düzenleme alanındaki araştırmadan yararlanılmış ve MutS,PAM etkileşimli alan ile değiştirilerek yeniden yapılandırılmış Cas9 proteini üretilmiştir. CRISPR/Cas9 ile indüklenen mutasyonların saptanması için analizlerin kontrollü bir karşılaştırması gerçekleştirilirken, aynı zamanda mutasyonların saptanması için kimerik bir enzim üretmek üzere yeni bir yöntem denenmiştir. Yeniden yapılandırılmış MutS-Cas9 enzimi, mevcut mutasyon tespit yöntemlerine bir alternatif sunmaktadır ve mevcut Cas9 yeniden yapılandırma çalışmalarına bir bakış açısı kazandırmaktadır. CRISPR/Cas9-induced mutations vary from point mutation to large insertion/deletions. It is difficult to detect the type of mutation after applying CRISPR/Cas9 system for gene knockout purpose because after formation of double-strand breaks, the repair system does not use a template for recovering the lesions and induces a random type of mutations. Basically, the available methods are based on MutS protein which has an affinity for mismatches, T7 Endonuclease Cleavage Assay or High-Resolution Melting Analysis. The aim of this thesis is to compare and/or optimize the available mutation screening methods for CRISPR/Cas9-induced mutations and to test a new method for mutation screening.Genomic DNA from BMAL1 knockout MCF10A cell line and a plasmid containing a point mutation in Drosophila Cryptochrome coding sequence alongside with their wild-type partners were used for mutation detection analysis. The Cas9 protein can be re-engineered as a split enzyme, providing a platform for controlled use of Cas9 for genome-engineering applications in the cells. In this study, by utilizing from the research in the CRISPR-Cas9 editing area, MutS was replaced with PAM-interacting domain and reengineered MutS-Cas9 protein was generated. In addition to a controlled comparison of assays was performed for detecting CRISPR/Cas9-induced mutations, as a novel method, a chimeric enzyme for detection of mutations was tried to be generated. Re-engineered MutS-Cas9 enzyme presents an alternative to available mutation detection methods and it gives a point of view in the current Cas9 reengineering studies. 90