Especímenes de pez cebra adquiridos en diferentes piscifactorías pueden mostrar variabilidad genética y alteración en la frecuencia de los alelos debido a la deriva genética y presión selectiva llevada a cabo en un ambiente cautivo, lo que resulta en la diferenciación de las características productivas y reproductivas. Este estudio busco evaluar la variabilidad genética y las características reproductivas de 180 especímenes de pez cebra adquiridos de seis piscifactorías brasileras. Hubo una desviación en el equilibrio de Hardy-Weinberg en todas las poblaciones evaluadas. Se encontró diferenciación en términos del grado de variabilidad dentro de las poblaciones, en vista de los resultados de la heterocigosidad observada y el coeficiente de endogamia (Fis). La distancia genética entre ellos se verificó usando el índice Fst, y se observó la formación de cuatro grupos distintos al trazar el dendrograma basado en la distancia genética de Nei. Se observó una diferencia en relación con los parámetros reproductivos, como el número promedio de huevos por hembra y la incubabilidad. Este segundo parámetro demostró estar relacionado con el nivel de consanguinidad de la población, y este efecto no se verificó para la frecuencia de desove. Se puede considerar que las existencias de pez cebras de diferentes lugares tienen variabilidad genética y fenotípica. La estructura genética influye principalmente en la fertilización y debe tenerse en cuenta al realizar trabajos donde se evalúan los índices reproductivos. [ABSTRACT FROM AUTHOR]