秋茄叶绿体基因组密码子使用偏好性分析.
- Resource Type
- Article
- Authors
- 赵 森; 邓力华; 陈 芬
- Source
- Journal of Forest & Environment. 2020, Vol. 40 Issue 5, p534-541. 8p.
- Subject
- Language
- Chinese
- ISSN
- 2096-0018
为了确定秋茄叶绿体基因组密码子的使用模式及其成因,以筛选到的50条蛋白质编码序列为研究对象,利用CodonW 1.4.2和CUSP在线程序对其密码子使用偏好性进行分析。结果表明:秋茄叶绿体基因组密码子第3位的GC含量(GC3)较低,平均值为27.62%,有30个密码子的相对同义密码子使用度(URSC)>1,其中以A/U结尾的密码子29个,说明秋茄叶绿体基因组偏向使用以A/U结尾的密码子;有效密码子数(Nec)的平均值为47.02,密码子使用偏好性较弱;Nec和GC3之间呈显著正相关(r=0.329,P<0.05),表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。中性分析结果显示,GC3和GC12相关性显著(r=0.464,P<0.01),回归系数为0.706 4,说明突变对密码子使用偏好性有重要影响。Nec-plot分析和奇偶偏好性分析表明,自然选择也是重要的影响因素。基于rbcL基因序列的系统进化树和基于URSC值的聚类分析有一定的相似性,表明密码子使用偏好性与物种之间的亲缘关系有关。综合分析表明,突变是秋茄叶绿体基因组密码子使用偏好性的重要因素,同时自然选择和碱基组成也有一定影响。ACC、ACA和GCA为最优密码子。 [ABSTRACT FROM AUTHOR]