原生动物对环境变化反应敏锐,是水生态系统微生物食物网、物质循环和能量流动中的重要结构和功能组成部分.青海湖作为我国最大的内陆咸水湖,是维系青藏高原生态安全的重要水体,是世界高原内陆湖泊湿地类型的典型代表.为了探究青海湖流域原生动物群落结构及其与环境因子之间的关系,于2020年8月对青海湖流域的入湖河流、湖滨带、主湖区及子湖共32个样点进行水环境样品采集,共获得水体样品95份,利用宏基因组测序技术和生物信息学方法从分子水平开展了该流域原生动物多样性和群落结构及其影响因素研究.主要结果如下:(1)共注释到176个原生动物分类单元(Operational Taxonomic Units,OTU),隶属于12门19纲43目61科72属;(2)青海湖流域原生动物多样性为入湖河流>湖滨带>子湖>主湖区,且4类水体环境原生动物群落结构存在显著差异;(3)原生动物群落受水体酸碱度、盐度、水温、溶解性总固体、浊度、总氮、总磷等环境因子的影响;(4)原生动物与其他浮游生物共现网络从入湖河流、湖滨带、子湖到主湖区,模块性逐渐变低,生物类群间的互作网络逐渐碎片化.青海湖流域原生动物的调查结果可为将来该流域的水生态环境健康评估提供依据.