Introducción. Las infecciones nosocomiales (IN) representan 60% de los eventos adversos y repercuten en el incremento de costos y de la morbi-mortalidad hospitalaria. Con el objetivo de identificar factores organizacionales que influyen en la prevención, control y detección de IN, se analizaron expedientes de terapia intensiva neonatal. Material y métodos. Estudio de casos y controles multicéntrico, analítico, descriptivo, cuanti-cualitativo. Se revisaron 185 expedientes de neonatos egresados de unidades de terapia intensiva neonatal; se realizó un análisis estructural y matrices de impactos cruzados en base a la opinión del experto, así como análisis univariado y multivariado de cada factor en relación con IN o mortalidad, mediante regresión logística binaria. Resultados. La tasa global de IN fue 32.9:100 egresos hospitalarios, con mortalidad de 50.8% en los casos de IN. Del análisis multivariado, se identificaron como factores de alto riesgo para presentar infección nosocomial, en el grupo en estudio: síndrome dismórfico, catéter yugular, subclavio o percutáneo, embarazo múltiple, tipo de hospital y presencia de staphylococcus aureus como agente causal. Conclusiones. El análisis cuantitativo reportó la importancia de los mecanismos de control para colocación y monitoreo de catéteres intravasculares en neonatos; en tanto, el análisis cualitativo mostró la influencia sobre las IN de algunos aspectos organizacionales, tales como trabajo en equipo, liderazgo de los jefes clínicos del área, compromiso de la Dirección y experiencia profesional de enfermería. El análisis integral de todos los factores contribuye a la toma de decisiones efectivas en función de su impacto en el paciente, eje central de los modelos actuales de atención. [ABSTRACT FROM AUTHOR]