Resumen: Introducción: La enfermedad neumocócica invasiva (ENI) es la infección bacteriana más relevante en niños pequeños y la introducción de las vacunas antineumocócicas conjugadas (VNC) ha cambiado su presentación clínica. En este estudio se analizaron los cambios en la incidencia, características clínicas y distribución de serotipos en los casos de ENI antes y después de la disponibilidad de la VNC13. Métodos: Se incluyeron prospectivamente pacientes con ENI menores de 60 meses ingresados en 2 hospitales pediátricos terciarios desde enero de 2007 a diciembre de 2009 (período pre-VNC13) y de enero de 2012 a junio de 2016 (período VNC13). Resultados: Se identificaron 493 casos, 319 en el período pre-VNC13 y 174 en el período VNC13. La incidencia de ENI disminuyó de 89,7 a 34,4 casos por 100.000 habitantes (−62%, p