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요약정보
盐胁迫下大麻SSR标记的分布特征分析 / Development of EST-SSR Marker in Cannabis Salt Stress Transcriptome
Resource Type
Academic Journal
Authors
陶杰
;
张江江
;
常丽
;
张翠萍
;
李建军
;
张超
;
李德芳
;
赵立宁
;
TAO Jie
;
ZHANG Jiangjiang
;
CHANG Li
;
ZHANG Cuiping
;
LI Jianjun
;
ZHANG Chao
;
LI Defang
;
ZHAO Lining
Source
中国麻业科学 / Plant Fiber Sciences in China
. 44(1):5-12
Subject
大麻;转录组;SSR标记;分布特征
Language
Chinese
ISSN
1671-3532
Online Access
Find it @ DONGA
초록
为探究盐胁迫对大麻遗传育种改良的影响,试验对盐胁迫条件下大麻转录组测序数据进行了SSR位点标记的挖掘,并对大麻转录组数据中SSR位点标记、SSR位点信息和序列分布特征等进行了分析.结果表明:共检测出84483条Unigene序列,序列总长87.31 Mb.筛选出27861个SSR位点,SSR标记的检出率为33.10%,即平均3.13 kb就会出现一个SSR位点,其中以单、二和三碱基重复为主,检出率分别为52.73%、23.26%和22.16%;重复基元主要为A/T、AG/CT、AT/AT和AAG/CTT,分别占52.57%、11.32%、10.25%和6.69%.通过Primer 3.0在线软件获得17894条SSR引物序列,引物中SSR位点重复长度绝大多数集中在10~21 bp,占SSR重复总数的79.72%,其中最长重复长度为226 bp.该研究构建的盐胁迫下大麻SSR位点信息与分布特征分析,可为研究大麻分子标记辅助育种、EST-SSR标记的开发等提供信息资源.
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