U sklopu ove disertacije istražene su promjene u kvantitativnom i kvalitativnom sastavu fenolnih tvari u vrste Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. inducirane mehaničkim oštećenjem odnosno infekcijom virusom mozaika krastavca s pridruženom satelitnom RNA. Fenolne tvari široko su rasprostranjene među biljkama, a pripisuju im se brojne fiziološke uloge u biljci među kojima je i zaštita biljaka od abiotičkog i biotičkog stresa. Optimizirana je metoda ekstrakcije i razvijene su metode koje daju najbolji prikaz kvantitativnog i kvalitativnog sastava ukupnih fenolnih tvari u ispitivanim uzorcima. Ispitivanjem različitih otapala i uvjeta ekstrakcije utvrđeno je da upotreba 80%-tne vodene otopine metanola i kloridne kiseline koncentracije 1, 2 mol dm-³ tijekom ekstrakcije od 30 minuta pri 80°C daje najbolji prinos istraživanih ukupnih fenolnih tvari. Optimizirano je nekoliko spektrofotometrijskih metoda za kvantitativne analize fenolnih tvari kao i metoda tekućinske kromatografije visoke moći razlučivanja koja omogućuje kvantitativne i kvalitativne analize fenolnih tvari. Kvantitativne analize ukupnih fenolnih tvari pokazale su kako nije moguće uspostaviti direktnu korelaciju između mehaničkog oštećenja odnosno infekcije vrste A. thaliana virusom mozaika krastavca s pridruženom satelitnom RNA i promjene koncentracije ukupnih fenolnih tvari. Kvantitativnim i kvalitativnim analizama sadržaja ukupnih flavonoida utvrđeno je značajno smanjenje ukupne količine flavonoida u gornjim listovima inficiranih biljaka u odnosu na biljke tretirane puferom. Ta je tendencija bila najizraženija za flavonoid kempferol. Utvrđeno je da neovisno o promjeni ekspresije gena za kalkon sintazu (CHS) u gornjim listovima inficiranih biljaka dolazi do smanjenja sadržaja kako ukupnih flavonoida tako i kempferola u odnosu na kontrolu. Dokazano je kako je regulacija ekspresije gena za enzim alternativnu oksidazu (AOX) važan dio obrambenog odgovora A. thaliana prema virusu mozaika krastavca s pridruženom satelitnom RNA te da promjene u ekspresiji tog gena utječu na sistemično širenje virusa. Utvrđeno je značajno smanjenje koncentracije indol-3-octene kiseline u gornjim listovima, ali i povećanje njene koncentracije u donjim listovima kod biljaka inficiranih virusom. Utvrđeno je da interakcija između vrste A. thaliana i virusa mozaika krastavca s pridruženom satelitnom RNA pripada skupini kompatibilnih interakcija, kod kojih aktivirani obrambeni odgovor biljke ne ovisi o nakupljanju salicilne kiseline, ali bez daljnjih ispitivanja nije moguće zaključiti je li u potpunosti neovisan o salicilnoj kiselini. Predložen je model koji objašnjava na koji način promjene u koncentraciji flavonoida sudjeluju u obrambenom odgovoru biljke na mehaničko oštećenje odnosno infekciju virusom. Predloženi model objašnjava moguću ulogu kempferola u obrambenom odgovoru biljke na razini modulacije transporta indol-3-octene kiseline.