Bakalaureusetöö Vee ja maismaa ökosüsteemide rakendusbioloogia õppekaval Pikoplanktoni avastamine tõi teadmised mikroobse toiduvõrgustiku olulisusest veekogude energia- ja aineringetes. Eesti järvede kohta on pikoplanktoni uuringuid äärmiselt vähe, eriti pikoeukarüootidest. Töö eesmärkideks on (1) kirjeldada Võrtsjärve fototroofse pikoplanktoni taksonoomiat ja sesoonset dünaamikat kahe aasta vältel (2014 ja 2018) toetudes fütoplanktoni pigmentidele; (2) selgitada välja fototroofse pikoplanktoni osakaal kogu fütoplanktoni koosluses; (3) analüüsida pro- ja eukarüootse fototroofse pikoplanktoni osakaalu aastaajalist varieeruvust. Töös kasutati kahe aasta igakuiseid mõõtmisandmeid. Proovidest mõõdeti HPLC-ga füto- ja pikoplanktoni koosluste pigmendisisaldusi, seejärel leiti CHEMTAX programmi abil erinevate rühmade Chl a hulk ja osakaal koosluses. Töö tulemusena leiti, et fototroofse pikoplanktoni hulk ja dünaamika võib Võrtsjärves aastati väga erinev olla. Kogu fütoplanktonist moodustas fototroofne pikoplankton 2018. aastal keskmiselt ~55% ja 2014. aastal vaid ~7,7%. Vastupidiselt paljudele pikoplanktonit uurinud töödele (e. g. Vörös et al. 1991) on Võrtsjärves pikoeukarüootide osakaal sama arvestatava suurusega kui pikoprokarüootide osakaal. Enamik mõlema aasta pikoplanktoni Chl a-st kuulus sini- ja ränivetikatele. Tunnuspigmentide abil pikoeukarüootide rühmade Chl a biomassi leidmisega on tegeletud väga vähe, mistõttu on ka võrdlusmaterjali leidmine käesoleva töö tulemustele küllaltki piiratud. See kõik viitab vajadusele veel pikema ajaskaalaga uuringuteks tuvastamaks selgeid trende ja nende tagamaid. HPLC ja CHEMTAX meetodi laialdasema kasutuselevõtt aitaks pikoplanktoni taksonoomilisi uuringuid rikastada. The discovery of picoplankton brought valuable knowledge on the importance of microbial food webs in energy transfer and nutrient recycling in aquatic environments. Very few studies have been conducted to investigate phototrophic picoplankton in Estonian lakes, particularly picoeukaryotes. The aim of this study was to (1) describe the taxonomic composition and seasonal dynamics of phototrophic picoplankton in Lake Võrtsjärv over two years (2014 and 2018) based on phytoplankton pigments; (2) determine the proportion of phototrophic picoplankton in the total phytoplankton community; (3) analyze the seasonal variability of the pro- and eukaryotic proportion of phototrophic picoplankton. The data used in this paper was collected monthly over two years. Phyto- and picoplankton pigments were measured with HPLC and CHEMTAX program was used to determine the amount of Chl a and proportions of different taxonomic groups in the community. As a result of this study it was found that the quantity and dynamics of phototrophic picoplankton varies greatly from year to year. Phototrophic picoplankton accounted for ~55% of the whole phytoplankton community in 2018 and ~7,7% in 2014. Opposing to many studies conducted on picoplankton (e.g. Vörös et al. 1991) the proportion of eukaryotic picoplankton in Lake Võrtsjärv is as significant as prokaryotic picoplankton. Most of both years picoplankton Chl a belonged to cyanobacteria and diatoms. The research on picoeukaryotes by marker pigments is very little and finding reference material is difficult. All this indicates a need for long-term studies to identify trends and their causes. Also, the wider use of HPLC and CHEMTAX methods would enrich the taxonomic studies of picoplankton.