In this paper, a methodology for designing and implementing a real time optimizing controller for non-linear batch processes is discussed. The controller is used to optimize the system input and state trajectories according to a cost function. An interior point method with penalty function is used to incorporate constraints into a modified cost functional, and a Lyapunov-based extremum seeking approach is used to compute the trajectory parameters. Smooth trajectories were generated with reduced computing time compared to many optimizations in literature. In this paper, the theory is applied to general non-flat non-linear systems in a true on-line optimization. Dans cet article, on etudie une methodologie pour la conception et l'implantation d'un controleur d'optimisation en temps reel de procedes discontinus non lineaires. Le controleur sert a optimiser l'entree du systeme et les trajectoires d'etat d'apres une fonction de couts. Pour calculer par ordinateur les parametres de trajectoire, on recourt a une methode a points interieurs avec une fonction de penalites pour incorporer des contraintes dans une methode de recherche des extremes lyapunovienne et une fonctionnelle de cout modifiee. Des trajectoires lisses ont ete produites avec un temps de calcul reduit comparativement a de nombreuses optimisations de la litterature scientifique. Dans cet article, la theorie est appliquee a des systemes non lineaires non plats generaux dans une veritable optimisation en ligne.