In this thesis, three databases are presented that are connected to web servers. The IDAAPM database integrates approved drugs and associated properties such as molecular descriptors, ADMET, adverse effects, biological targets, and bioactivities (Publication I). Its successor DrugMapper expands the data content to investigational drugs and contains more than 10,000 entries. It displays a major reorganization of the underlying data and major add-ons to the web interface (Publication II). DrugMapper allows users to visualize integrated compound data such as molecular structures, targets, adverse effects, and clinical trials. The search interface allows advanced searches by chemical similarity, using target sequence, target classification level, mechanism of action, and adverse effects. Additionally, knowledge graphs can be generated for in-depth analysis. ChembioMapper (Publication V) was developed to analyse congeneric series produced by medicinal chemists together with biological activity and structural target data. The web server allows the navigation of thousands of congeneric series, exploring their Maximum Common Substructures and associated R-groups. Other databases are also used for two applications: computational analysis work is presented on the ChEMBL database to understand the target co-testing utilizing four major medicinal journals’ data from the ChEMBL database (Publication IV). Compounds active against gram-negative and positive bacteria are analysed with respect to their chemical space as well as similarity to hit compounds (Publication III). I detta examensarbete presenteras tre databaser som är kopplade till webbservrar. IDAAPM-databasen integrerar godkända läkemedel och associerade egenskaper såsom molekylära deskriptorer, ADMET, negativa effekter, biologiska mål och bioaktiviteter (Publikation I). Dess efterträdare DrugMapper utökar datainnehållet till prövningsläkemedel och innehåller mer än 10 000 poster. Den visar en större omorganisation av underliggande data och större tillägg till webbgränssnittet (Publication II). DrugMapper tillåter användare att visualisera integrerade sammansättningsdata som molekylära strukturer, mål, negativa effekter och kliniska prövningar. Sökgränssnittet tillåter avancerade sökningar efter kemisk likhet, med användning av målsekvens, målklassificeringsnivå, verkningsmekanism och negativa effekter. Dessutom kan kunskapsdiagram genereras för djupgående analys. ChembioMapper (Publication V) utvecklades för att analysera kongeneriska serier producerade av läkemedelskemister tillsammans med biologisk aktivitet och strukturella måldata. Webbservern tillåter navigering av tusentals kongeneriska serier och utforskar deras maximala gemensamma understrukturer och tillhörande R-grupper. Andra databaser används också för två tillämpningar: beräkningsanalysarbete presenteras på ChEMBL-databasen för att förstå målsamtestningen med hjälp av fyra stora medicinska tidskrifters data från ChEMBL-databasen (Publication IV). Föreningar som är aktiva mot gramnegativa och positiva bakterier analyseras med avseende på deras kemiska utrymme samt likhet med hitföreningar (Publikation III).