Atractylodes macrocephala Koidz. (AMK) est largement utilisé en raison de son activité pharmacologique dans la médecine traditionnelle chinoise. Ici, les auteurs ont cherché à caractériser les gènes exprimés de manière différentielle (GED) dans des rhizomes d'AMK cultivés pendant un an et trois ans, en combinaison avec une analyse de la diversité des bactéries endophytes, en utilisant le séquençage d'ARN à haut débit. Un total de 114 572 unigènes ont été annotés dans six bases de données publiques. En tout, 3570 GED montaient une différence d'expression claire, dont 936 et 2634 gènes qui étaient respectivement régulés à la hausse et à la baisse. Les résultats de l'analyse des voies de la base de données KEGG ont indiqué que les GED correspondant aux gènes de synthèse des terpénoïdes étaient régulés à la baisse dans les rhizomes de trois ans. Par ailleurs, 414 424 séquences correspondant aux gènes de l'ARNr 16S ont été divisées en 1267 unités taxonomiques opérationnelles (UTO). De plus, la diversité des bactéries endophytes changeait avec les espèces dans les rhizomes d'un an (773) et trois ans (1201) en ce qui concerne les OTU, et les Proteobacteria, Actinobacteria, et Bacteroidetes constituaient les phylums dominants. La comparaison des différences en espèces entre les différents âges de croissance a révélé que certaines espèces étaient significativement différentes, comme les Actinomycetes , Variovorax , Cloacibacterium , etc. Il est intéressant de noter que la diminution du métabolisme lié à la fonction des terpénoïdes et des polykétides est corrélée à la faible expression des gènes de synthèse des terpènes dans les rhizomes de trois ans évalués à l'aide de PICRUSt2. Ces données fournissent une base scientifique pour élucider les mécanismes sous-jacents à l'accumulation des métabolites et à la diversité des bactéries endophytes en relation avec les âges de croissance chez AMK. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]