Os representantes da família Thamnophilidae compõem uma radiação Neotropical rica em espécies de passeriformes. A classificação atual das suas 235 espécies é baseada principalmente nas similaridades morfológicas, mas estudos recentes integrando grandes conjuntos de dados fenotípicos e filogenéticos têm redefinido os limites de vários táxons. Nós avaliamos as relações entre os representantes correntemente pertencentes aos gêneros Herpsilochmus, Sakesphorus, Thamnophilus, Biatas e Dysithamnus usando sequências de DNA mitocondrial, éxons nucleares e elementos ultraconservados (UCEs), com atenção adicional às relações interespecíficas dentro de Herpsilochmus. Demonstramos que Herpsilochmus e Sakesphorus não são monofiléticos, e determinamos que H. sellowi é a espécie-irmã de um ramo profundo do gênero monotípico Biatas, enquanto S. cristatus é irmã de um clado abrangendo Herpsilochmus sensu stricto e Dysithamnus. Estes resultados são consistentes através dos diferentes tipos de loci, obtidos via concatenação e análises baseadas em coalescência, e apoiados por testes de razão de verossimilhanças da distribuição das histórias coalescentes amostradas. A distinção fenotípica de H. sellowi e Biatas argumenta contra a junção deles em um único gênero. Como não há nenhum nome genérico disponível para H. sellowi, nós descrevemos um gênero monotípico para esta espécie. A polifilia de Sakesphorus garante o reconhecimento do nome genérico disponível Sakesphoroides para o distinto e monotípico S. cristatus. Além disso, nós recuperamos seis grupos de espécies bem apoiados dentro de Herpsilochmus sensu stricto. Dentro do contexto da família como um todo, a ubiquidade dos longos ramos terminais representando os gêneros monotípicos aponta para eventos de extinção entre os ancestrais dessas linhagens. Nós sugerimos que a retenção de caracteres ancestrais ou deriva genética aleatória, junto a uma extensa extinção, podem explicar o alto grau de similaridade morfológica e ecológica através desses táxons, mas nós destacamos o papel potencial do meio ambiente na condução da convergência fenotípica adaptativa. Por fim, nossos resultados advertem contra o uso cego de filogenias contendo dados baseados na taxonomia, devido às incompatibilidades cada vez mais frequentes entre a classificação taxonômica tradicional e as filogenias moleculares. [ABSTRACT FROM AUTHOR]