Os marcadores moleculares podem ser usados para monitorar a variabilidade genética em estoques de peixes cultivados com o objetivo de desenvolver melhores técnicas de aquicultura e aumentar a produtividade. Diante do exposto, objetivou-se com o presente trabalho avaliar a variabilidade genética em reprodutores de pirarucu em pisciculturas no sudeste e nordeste do estado do Pará, Brasil. As amostras foram genotipadas usando quatro marcadores microssatélites e os índices de diversidade genética foram calculados para cada estoque de reprodutor. Foram identificados um total de 16 alelos nos quatro locos testados nas 33 amostras de pirarucu, com médias de 3,00, 2,75 e 2,25 alelos por locus em estoques de reprodutores dos municípios de Tucumã, Parauapebas e Moju, respectivamente. O estoque de reprodutores de Parauapebas apresentou a maior heterozigosidade média observada. Nos estoques de Tucumã e Parauapebas, os marcadores AgCAm16 e AgCAm18 não estavam em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Este estudo piloto mostrou que houve perdas consideráveis de variabilidade genética nos centros de reprodução de pirarucu nos municípios de Tucumã, Parauapebas e Moju em comparação com a variabilidade nas populações naturais desta espécie de peixe. [ABSTRACT FROM AUTHOR]