Objetivo. Examinar os efeitos do baixo nível socioeconômico individual e área geográfica em situação de carência na ocorrência de fissura labial isolada com ou sem fissura palatina (FL ± P) na Argentina. Métodos. Estudo de caso-controle que compreendeu 577 recém-nascidos com FL isolada ± P e 13 344 controles saudáveis, nascidos entre 1992 e 2001, de uma população total de 546 129 nascimentos em 39 hospitais na Argentina. Foram usados dados censitários sobre necessidades básicas existentes para estabelecer o grau de carência das áreas geográficas. Foi determinado um índice de nível socioeconômico para cada indivíduo baseado na idade materna, número de gestações, baixa escolaridade materna e paterna e ocupação paterna de baixo nível. Foi realizada uma regressão logística para avaliar os efeitos do baixo nível socioeconômico e área geográfica em situação de carência na ocorrência de FL ± P. Resultados. Observou-se um risco discretamente aumentado de FL ± P em mães com baixo nível socioeconômico, mas nenhum efeito foi verificado quanto à área geográfica em situação de carência. Descendência indígena, doença materna aguda e assistência pré-natal precária foram fatores de risco importantes para FL ± P nas mães com baixo nível socioeconômico, após o uso de escores de propensão para ajustar as características demográficas em casos e controles. Conclusões. O baixo nível socioeconômico individual foi associado a um discreto aumento do risco de FL ± P, mas este efeito não foi observado para área geográfica em situação de carência. Não houve interação entre nível socioeconômico individual e área geográfica em situação de carência. Fatores relacionados ao baixo nível socioeconômico individual, como assistência pré-natal precária, baixa escolaridade dos pais, falta de informação e fatores relacionados aos hábitos de vida, devem ser o foco principal porque eles são os fatores de risco para FL ± P, não fatores relacionados ao domicílio em área carente. [ABSTRACT FROM AUTHOR]