Résumé: But: Il est classiquement admis que le paludisme néonatal est un événement rare en zone d’endémie palustre. De plus en plus d’études prouvent une sous-estimation de cette fréquence. Notre travail avait pour objectif de déterminer la prévalence du paludisme congénital et néonatal dans une structure de niveau tertiaire de référence nationale pour la prise en charge des nouveau-nés au Mali en utilisant trois méthodes complémentaires de diagnostic. Matériel et méthodes: Le travail s’est déroulé à l’unité de néonatologie du service de pédiatrie du centre hospitalier universitaire de Gabriel-Touré, Bamako, Mali du 1er octobre 2006 au 17 mars 2008. Ont été inclus tous les nouveau-nés à terme de 0 à 28jours hospitalisés dans le service ainsi que leurs mères. Pour le diagnostic du paludisme, un test de diagnostic rapide (TDR, OptiMAL IT®), une goutte épaisse et une réaction de polymérisation en chaîne (PCR) ont été réalisés sur un prélèvement veineux de la mère et du nouveau-né. Résultats: Nous avons inclus 267 nouveau-nés et 146 mères. L’âge moyen des nouveau-nés était de 2,7jours et le poids moyen de 2862,4g. La microscopie et la PCR sont revenus négatifs chez tous les nouveau-nés. Les mères étaient âgées de 25ans en moyenne. La goutte épaisse est revenue négative chez toutes les mères, le TDR positif àPlasmodium falciparum chez une mère et la PCR positive pour neuf mères (sept cas de P. falciparum et deux cas de Plasmodium ovale). Conclusion: Le paludisme congénital et néonatal demeure un évènement rare chez le nouveau-né admis dans une structure de référence tertiaire au Mali.