Le séquençage du génome entier (SGE) remplace rapidement les autres techniques moléculaires pour l'identification et le sous-typage d'isolats bactériens. La résolution ou la discrimination offertes par le SGE sont significativement plus élevées que celles offertes par d'autres techniques moléculaires et le SGE permet de trouver rapidement des différences rares qui existent entre deux souches étroitement apparentées. Lors de cette recherche, le SGE a été utilisé pour identifier les changements qui sont apparus dans les génomes de 13 souches d'agents pathogènes alimentaires bactériens après cent repiquages en série. Des cultures pures d' Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines, Salmonella enterica , Listeria monocytogenes et Vibrio parahaemolyticus ont été repiquées quotidiennement pendant cent jours successifs. La première et la centième sous-culture ont été séquencées sur tout le génome par des lectures du séquençage courtes. Les polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP) entre la première et la dernière culture ont été identifiés à l'aide de deux approches différentes, et le typage par séquençage multilocus du génome de base a aussi été réalisé pour déterminer si n'importe quel changement pouvait être détecté à l'échelle allélique. Le nombre de changements génomiques observés variait selon les souches, les espèces et le détecteur de SNP (« SNP caller ») utilisé. Cette étude donne un aperçu de la variation génomique qui peut être détectée à l'aide du séquençage et de méthodes d'analyse de nouvelle génération après des repiquages répétés de quatre agents pathogènes bactériens importants. [Traduit par la Rédaction] [ABSTRACT FROM AUTHOR]